Gofruotojo kartono dėžių storis pirmiausia priklauso nuo sluoksnių skaičiaus, griovelio profilio ir pagrindo popieriaus specifikacijų. Įprastos gofruotojo kartono struktūros yra trijų-sluoksnių, penkių-sluoksnių ir septynių-sluoksnių struktūros. Trijų-sluoksnių gofruotasis kartonas paprastai susideda iš vieno sluoksnio gofruoto pagrindinio popieriaus ir dviejų sluoksnių priekinio popieriaus, kurių bendras storis yra maždaug 2,5–4 mm, tinka lengvoms prekėms, tokioms kaip drabužiai, kasdieniai reikmenys ir smulkūs elektroniniai gaminiai. Penkių -sluoksnių gofruotasis kartonas susideda iš dviejų sluoksnių gofruoto pagrindinio popieriaus ir trijų sluoksnių priekinio popieriaus, kurio storis paprastai yra maždaug 5–7 mm. Jis pasižymi geru atsparumu gniuždymui ir amortizavimo savybėmis, tinka gaminiams, kuriems reikalinga tam tikra apkrova,{13}}pvz., buitiniams prietaisams, maistui ir mašinų dalims. Septynių-sluoksnių gofruotas kartonas pasižymi dar didesniu konstrukciniu tvirtumu, jo storis paprastai yra maždaug 8–12 mm, daugiausia naudojamas sunkesnėms, didesnėms pakuotėms arba produktams, vežamiems sudėtingoje aplinkoje.
Be sluoksnių skaičiaus, griovelio profilis taip pat turi įtakos tikram dėžutės storiui. Įprasti fleitos tipai: A-fleita, B-fleita, C-fleita, E-fleita ir F-fleita. A-fleita yra aukštesnė, todėl geriau amortizuoja ir atspari gniuždymui; B-fleita yra santykinai plonesnė, todėl plokštuminis stiprumas ir spausdinamumas yra geresnis; C-fleita išlaiko gerą pusiausvyrą tarp amortizavimo ir storio; „E-flute“ ir „F-flute“ yra smulkesnės mikro-fleitos, kurių storis mažesnis, o paviršius lygesnis, todėl tinka spalvoto spausdinimo pakuotėms, kur reikalinga aukšta spausdinimo kokybė ir išvaizda. Faktinėje gamyboje galima derinti skirtingus fleitos tipus, pvz., naudojant dvigubą{14}}fleitos struktūrą, kad būtų padidintas dėžutės stiprumas. Todėl gofruotų dėžių storis nebūtinai yra geresnis, kuo jis storesnis; jį reikia visapusiškai nustatyti atsižvelgiant į gaminio svorį, transportavimo atstumą, krovimo aukštį, atsparumo gniuždymui reikalavimus ir kainą, kad būtų užtikrintos apsaugos savybės ir išvengta medžiagų švaistymo.
